Kane Pixels relate l'expédition d'une équipe dans un complexe insolite, rempli de symboles répétitifs et de phénomènes architecturaux inexplicables. En mesurant et en analysant les étranges objets qu'ils découvrent, les chercheurs sont de plus en plus troublés par le mystère qui règne dans ce lieu et par la découverte d'anomalies inattendues et non statiques qui hantent les lieux.